Per quanto cacofonica possa sembrare la musica di Zappa, la sua costruzione è attentamente ponderata e ogni dettaglio intrinseco, per quanto relegato, è ben definito. Ci sono tratti compositivi specifici che permeano ciascuno dei brani orchestrali, tra cui:
i) l’armonia della Chord Bible; 
ii) le cellule di toni ricorrenti;
iii) i raggruppamenti ritmici irregolari;
iv) l’isomelismo.
Il modo in cui queste tecniche sono manipolate è ciò che distingue un brano dall’altro e una delle tecniche più importanti che facilita questa differenziazione è l’orchestrazione. Certamente, l’abilità di Zappa nello sfruttare i vari strumenti dell’orchestra è un fattore importante, nella sua tecnica compositiva. Alcuni esempi sono le grandi disparità di registro tra strumenti che eseguono melodie simultaneamente – come in Pedro’s Dowry, dove il clarinetto basso e l’ottavino sono separati da 4 ottave. Questo produce una sorta di suono costrittivo, poiché entrambi gli strumenti sono così autonomi, in quanto entrambi indicano una particolare estensione e tessitura. L’impiego insolito di questi due estremi di registro si controbilancia a vicenda in modo straordinario. Inoltre, l’applicazione non ortodossa della melodia a combinazioni di strumenti insolite favorisce anche la manipolazione della caratterizzazione strumentale. Annotando sfumature e tecniche specifiche generalmente riservate ad altri strumenti, Zappa ha anche decostruito le percezioni comuni del suono che uno strumento poteva effettivamente produrre. Sempre in Pedro’s Dowry, la viola elettrica e il trombone condividono glissando e scivolamenti attorno alla melodia, creando una sorta di disorientamento dall’effetto comico.
Questo porta a un’altra caratteristica chiave della musica di Zappa, ovvero l’inferenza dell’umorismo attraverso le sfumature strumentali.
Umorismo e allusione sono considerazioni vitali, nella musica di Zappa. L’elemento umoristico assume una forma propria, incorporando narrazioni quasi infinite sullo stile di vita americano e sulle condizioni sociali, culturali e politiche di chi ne fa parte, nonché allusioni musicali, per trasmettere tali condizioni. È interessante, come questo si traduca nei brani orchestrali e si basi sulle norme culturali come materiale per approssimazioni o perversioni delle stesse.
La manipolazione di certi timbri e sfumature orchestrali è percettibile e rappresenta un potente espediente, per rappresentare caratteristiche umoristiche, a patto che il pubblico sia culturalmente predisposto all’allusione.
Per quanto riguarda i brani completamente orchestrati, molte persone che ascoltano questi brani senza testo non ne colgono l’umorismo, in ciò che dicono le note e negli strumenti che le suonano.
Se si considera la normale funzione di uno strumento e il modo in cui ci si aspetta che uno strumento si comporti in un ensemble orchestrale e se si assegna a quello strumento una funzione che lo allontana dal suo carattere normale, questo è un elemento di umorismo.
In Mo ’N Herb’s Vacation - Second Movement, alcune melodie sono armonizzate a un semitono di distanza. L’effetto è «da cartone animato», un esempio di norma culturale contesto-trasformata ma che conserva l’elemento umoristico ad essa connesso. Il fatto che l’umorismo fosse presente, anche in musica altamente dissonante, testimonia la capacità unica di Zappa di unificare l’incompatibile. In un certo senso, questo caratterizza la complessità dell’interpretazione della sua musica. Zappa presentava all’ascoltatore una «musica seria» ma in qualche modo, la derideva allo stesso tempo, il che trasmetteva segnali confusi a coloro che facevano fatica ad apprezzare l’intento del compositore. Per quanto difficili da cogliere siano queste strane giustapposizioni, come le inconciliabili transizioni musicali, anche le allusioni comiche sono parte integrante dell’opera e non possono essere separate dall’intera opera. Per Zappa, le considerazioni strutturali erano un problema costante e come mantenere la continuità nella musica cromatica senza il supporto di costrutti matematici definitivi o narrazioni più forti sarebbe stato sicuramente impegnativo. La soluzione di Zappa al problema fu ideare forme bizzarre di ripetizione. In Pedro’s Dowry, la ripetizione è definita dal ripristino di frasi melodiche alterate dallo spazio di altezza e dalla configurazione ritmica. Un processo simile si verifica in The Perfect Stranger, in Mo ’N Herb’s Vacation e, in misura minore, in Bob In Dacron. Sembra che Zappa si sia affidato a questa forma di ripetizione, per mantenere la continuità nei brani cromatici. La ripetizione può essere evidente o meno e quindi richiede una divisione tripartita nella interpretazione. La ragione di questa trasformazione nascosta porta a tre possibili conclusioni:
i) Zappa utilizzava abitualmente l’isomelismo, una delle sue tecniche principali;
ii) Zappa posizionava strategicamente ripetizioni destinate al subconscio; 
iii) le ripetizioni erano un’estensione dell’affidamento di idee manoscritte che erano graficamente accattivanti.
In effetti, è probabile che si trattasse di una combinazione di tutte e tre le cose. Senza il commento del compositore, non si può esserne certi e quindi le tre possibili conclusioni dovrebbero essere considerate. 
Sebbene possa apparire una sorta di incoerenza superficiale, ricondotta e potenzialmente attiva su livelli diversi, esiste un forte filo conduttore compositivo.
La coerenza concettuale fornisce certamente una base, per integrare tutti gli elementi disparati presenti nelle opere di Zappa, nel loro insieme. Che Zappa discutesse degli effetti psicologici o fisiologici della musica, dei frattali nel ritmo, del tempo non lineare o della musica destinata al subconscio, tutte le idee giocano un ruolo nella concettualizzazione della composizione. Non tutti i concetti possono essere applicati a tutte le composizioni, poiché gli interessi del compositore in vari momenti della sua carriera sono cambiati. Ad esempio, la sua nozione di frattali sembrava essersi evoluta dalla sua interazione con il Synclavier, negli anni ottanta. In particolare, dal modo in cui una delle schermate di editing del Synclavier presentava altezze e ritmi. Tuttavia, una costante è la coerenza concettuale che, per sua stessa natura, permette a questi «sottoconcetti» di funzionare.
La concettualità proposta da Zappa si misura in base alle tecniche utilizzate. Così, ad esempio, l’espressione «tutto accade in continuazione» – una prospettiva che confuta la percepita linearità del tempo – è trasformata concettualmente in manifestazioni compositive e musicali. In Mo ’N Herb’s Vacation - Second Movement, il tema principale del movimento è enunciato fin dall’inizio ma man mano che il brano procede, è suddiviso in tre frammenti. A un certo punto, i tre frammenti sono presentati simultaneamente, rappresentando così un esempio del concetto di non linearità. Questo concetto si esaurisce in Mo ’N Herb’s Vacation - Third Movement, dove frammenti e sezioni di tutti e tre i movimenti si scontrano e si intercettano a vicenda. La simultaneità delle caratteristiche più importanti di ogni movimento è riunita come una coincidenza temporale che potrebbe essere vista in risonanza con il senso non lineare del tempo o come una mera affermazione riassuntiva. Naturalmente, si potrebbe presumere che questa non sia altro che una tecnica musicale di sovrapposizione di frammenti, per creare un certo effetto e che, in effetti, anche questa interpretazione abbia validità… ma allineare questo con i concetti di Zappa crea un rapporto più forte tra i diversi elementi della musica e la coerenza concettuale. Fornisce anche un modo per determinare come i concetti possano essere rappresentati nel regno fisico del suono. Una cosa è parlare dell’impalcatura concettuale della musica ma essere in grado di chiarirla e mostrare esempi musicali che dimostrino chiaramente il concetto ha più utilità, soprattutto quando si forniscono indizi limitati sulla struttura musicale. Il riferimento di Zappa a un mobile di Calder è un’altra opportunità per illustrare un legame concettuale, poiché, indipendentemente da quanto disgiuntamente gli oggetti sonori possano apparire posizionati, essi sono essenzialmente parte della totalità. La totalità può essere la composizione stessa o l’intera produzione creativa, quindi una ripetizione della coerenza concettuale. La coerenza concettuale attira contemporaneamente verso l’interno e proietta verso l’esterno tutti gli elementi in essa contenuti. Ad esempio, si potrebbe scegliere un qualsiasi aspetto del lavoro di Zappa e risalire al concetto centrale oppure si potrebbe partire dal concetto centrale ed esplorare e collegare esternamente tutti gli elementi.
Da dove si inizia, nell’assemblare musica in quel modo? Quali tecniche sono utilizzate? Come sono costruiti gli accordi? Qual è il rapporto tra accordi e melodie? 
Alcune domande rimangono ancora senza risposta…