Zappa utilizzò le più sofisticate apparecchiature disponibili all’epoca, per la registrazione dell’albo, con il fine di creare un’opera di grande tecnica e qualità musicale. L’albo fu registrato su quello che lo stesso Zappa descrisse come «un registratore a sedici piste fatto in casa»; un prototipo costruito dagli ingegneri dei Ttg Studios di Hollywood, alla fine del 1968. Nel 1969, la Ampex completò e mise a punto l’Mm-1000, a sedici piste, che fu il primo registratore professionale su sedici tracce a essere messo in commercio a livello mondiale. Utilizzava un nastro di cinque centimetri, adattato dalla divisione di registrazione video. La tecnologia a sedici piste era molto più sofisticata, rispetto a quella dei vecchi modelli a quattro e otto piste, allora diffusi. La disponibilità di altre piste sonore rese possibile a Zappa di aggiungere, in Hot Rats, strati multipli di strumenti a fiato e di tastiere, suonati da Ian Underwood. Grazie a questa innovazione tecnologica, solo pochi musicisti erano necessari, per ricreare in studio elaborate partiture polistrumentali che dessero l’impressione del sound di una vera e propria orchestra o di una band formata da molti elementi. Fu proprio la possibilità di effettuare avanzate sovraincisioni in studio, che diede a Zappa la motivazione per continuare a registrare e sperimentare in sala di incisione, dato che odiava suonare chiuso in uno studio.

Le maggiori piste disponibili, resero possibile anche creare un realistico suono di batteria stereo. Zappa fu tra i primi a registrare le parti di batteria su tracce multiple. Prima del 1969, le percussioni erano registrate in mono e su una sola pista. In Hot Rats, invece, quattro canali furono dedicati al suono della batteria, separando il suono nei canali destro e sinistro. Questa tecnica fu ampiamente imitata e divenne uno standard con l’inizio degli anni settanta, quando i macchinari a sedici o più piste si resero disponibili a tutti.