Nonostante il Cs-80 sia stato concepito come una versione più leggera e trasportabile dello Yamaha Gx-1, il peso di cento chilogrammi rende comunque difficile il trasporto. Per confronto, il peso del Prophet-5, lanciato sul mercato poco dopo il Cs-80, era di quattordici chilogrammi. Inoltre, i circuiti che collegano i vari componenti delle voci sono molto delicati, per cui il trasporto deve avvenire all’interno di una custodia protettiva completa, per evitare danni.
I trimmer che regolano l’intonazione delle voci sono le parti più sensibili del sintetizzatore, al punto tale che durante il trasporto possono perdere l’intonazione. Il Cs-80 è particolarmente sensibile anche alle temperature e all’umidità, che possono arrecare danni agli oscillatori.
Un’ulteriore problematica è quella legata alla mancanza di una memoria digitale. La maggior parte dei sintetizzatori commercializzati negli anni successivi possedeva una memoria digitale, mentre il Cs-80 contava su una memoria composta da miniature dei controlli presenti in facciata, con la possibilità per l’utente di memorizzare solamente quattro preimpostati.
Le riparazioni del sintetizzatore possono risultare complicate, perché la Yamaha nel costruirlo ha utilizzato molti circuiti integrati (analogici e digitali) e chip proprietari poi divenuti rari o fuori produzione. Tuttavia la Yamaha, anche se non esegue più riparazioni sul Cs-80, può prestare assistenza a pagamento, avendo gran parte delle componenti ancora disponibili in Giappone.